Le climat du vignoble peut être rude. Le climat est semi-continental, avec des hivers froids, des étés chauds et secs. L’automne et le printemps, aux températures douces, sont souvent caractérisés par des précipitations abondantes. La pluviométrie annuelle est importante : 1 100 mm à Arbois ou Voiteur ; 1 400 mm à Poligny, contre 800 mm en Bourgogne. La température moyenne sur 30 ans est de 10 °C, un peu au-dessus de la limite de 9,5 °C généralement admise pour la culture de la vigne, avec des hivers à 5 °C.
L’ensoleillement est d’environ 1 800 heures par an, et accuse donc un déficit d’un millier d’heures par rapport à celui du vignoble méditerranéen (2 800 heures).
Les vents dominants de secteur sud à ouest sont plutôt humides et chauds, mais le vignoble subit aussi une bise glaciale, qui souffle du nord et du nord-est. L’exposition (à l’ouest, voire au sud-ouest ou au sud, par exemple dans les reculées) joue un rôle essentiel.
Ce qui est notable dans l’histoire du vignoble jurassien, ce sont ses accidents climatiques, pour les précipitations (qui peuvent varier du simple au double d’une année à l’autre), les températures, les grêles, les gels - sans parler du gel général de 1956. Dans Les vignobles du Jura et de la Franche-Comté, Charles Rouget insiste sur les hivers rigoureux, longs, rudes, dommageables qui entraînent « beaucoup de vignes perdues », les grandes eaux qui ravinent les chemins au printemps, les gels rigoureux.
Comme le note Sébastien Guyetant en 1822, « la température variable du vignoble l’expose au printemps à éprouver des gelées désastreuses que l’on voit assez souvent survenir jusque dans le courant du mois de mai ». On comprend que la fête de saint Vernier tombe dans cette période délicate. Charles Rouget relève par exemple, en avril 1811, des gelées générales et totales.
Le climat fût jugé si difficile par Auguste Parandier qu’il le considéra comme devant constituer « un rempart contre le phylloxéra ».
Le vigneron (Emile Nevers)
Bien que les techniques viticoles se soient améliorées et que le réchauffement climatique ait permis d'atteindre plus fréquemment une meilleure maturité des raisins rouges, rendant les vins moins acides, le vignoble reste soumis à des variations climatiques importantes. Certaines années, les épisodes de gel tardif peuvent toujours affecter la récolte.
Le contexte pédoclimatique du Jura en fait un vignoble de combattant : lourdeur des marnes, des terres parfois lourdes à travailler, qui - comme l’écrit Bernard Clavel dans L’Espagnol - collent aux pieds dans l'humidité automnale ; ruissellements nécessitant des travaux de terrasses, de drainage et le remontage de la terre en haut de pente. La viticulture a dû bien sûr s’adapter, notamment par le choix des cépages, ou - à une époque - la complantation qui a joué un rôle d’amortisseur des variations climatiques (comme dit le proverbe, Plant de tout plant / Vin en tout temps).
Climat, choix des cépages, travail dans les marnes… il faut être un excellent vigneron pour être vigneron dans le Jura.
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